塩分を含む地下水を水産物養殖に用いた後に、作物の水耕栽培に用います。水耕栽培では、塩分を吸収することにより成長することができる好塩性作物を栽培します。水耕栽培により低塩化された水を最後に露地栽培に用います。そのために露地土壌の塩類化を軽減するとともに、露地栽培作物の塩害を緩和することができます。システム稼働に必要となる電力は太陽光発電により賄います。

アクアポニックスにおける水耕栽培では、塩分をできるだけ多く吸収する作物を用います。これにより塩分を含む養殖廃液から塩分を除去することができます。これらは、塩生植物とよばれ、塩性環境でも生育を全う（発芽→成長→次世代の形成）することができます。一般的な作物は中生植物とよばれ、塩性環境では、吸水が阻害されたり、また体内に吸収した塩分により代謝が乱されてしまいます。塩集積性作物が、どのような仕組みにより高い塩性環境下でも成育することができるのかについて調べています。

地球上に存在する水の97.5パーセントは、海水です。淡水の減少や塩性化が進行することを考えると、塩分を多量に含むが（約3.5パーセント）、豊富に存在する海水を農業に利用することができれば、淡水の保全につながります。塩生植物の中でも、最も耐塩性の強い植物を偏性塩生植物とよびます。この植物群は、海水でも生育することが可能であり、また海水の約3分の1〜2分の1の塩分濃度で最大の生育を示すといわれています。2分の1に希釈した海水に対して養分添加やpH調整などの処理を施したものを培養液として、食用となる偏性塩生作物を水耕栽培し、その生長応答を調べています。