自然生態系の維持、植物の成長促進やストレス耐性の付与、環境汚染物質の浄化など多様な機能を持つ 「菌類きのこ」に関し、
特色のある体系的教育による 優秀な人材の育成，並びに高レベルな研究推進による産業の活性化や新産業の創出を目的としています。
遺伝資源多様性研究部門、遺伝資源評価保存研究部門、有用きのこ栽培研究部門、新機能開発研究部門および
物質活用研究部門で構成されており、きのこを中心とした菌類 に関する基礎利用から応用まで幅広い研究を推進しています。