自然生態系の維持、植物の成長促進やストレス耐性の付与、環境汚染物質の浄化など多様な機能を持つ 「菌類きのこ」に関し、特色のある体系的教育による優秀な人材の育成，並びに高レベルな研究推進による産業の活性化や新産業の創出を目的としています。菌類きのこ環境生態学研究部門、菌類きのこ分子遺伝学研究部門、菌類きのこ遺伝資源評価保存研究部門および菌類きのこ機能開発研究部門で構成されています。