鶏が大腸菌によって起きる病気（鶏大腸菌症）では、多くの場合、呼吸器から感染し菌が血流を介して全身に移行します。一方、鶏の腸管内には正常菌叢の一員としての大腸菌が棲息しています。したがって、鶏に病気を起こす大腸菌は他の大腸菌にはない性質があるものと仮定し、鶏の大腸菌症の原因となった菌と、健康な鶏の糞便や飼養環境から分離した菌をさまざまな観点で比較しました。人においても尿路感染症や髄膜炎など、経口感染の結果生じる下痢とは異なるタイプ（腸管外病原性）の大腸菌感染症が存在しているので、これら人の疾患の原因菌と鶏大腸菌症の原因菌の関係に興味が持たれます。

抗菌薬に耐性を示す（抗菌薬が効かない）細菌が原因の細菌感染症は治療が困難になります。治療などで使われる抗菌薬に耐性を示す菌は、抗菌薬を適切に使用しないと選択され広がってしまいます。食用動物（家畜・家禽）に使われる抗菌薬は人の医療で使われるものと同じものがあるので、食用動物が保有する耐性菌は人の健康を脅かす可能性があります。したがって、食用動物における抗菌薬使用と耐性菌検出との関係、個体間と動物舎間における耐性菌の伝播、抗菌薬耐性に関わる遺伝子（耐性遺伝子）の細菌間の伝播を調査することにより、持続可能な畜産生産のため、どの抗菌薬をどのように使用するか等の指針策定に貢献することが期待されます。

動物の細菌感染症は集団で、とくに、病気を起こす細菌（病原菌）の一つ（菌株）により発生することがあります。この場合、どの菌株が集団発生の原因であったのかを突き止めることが、その病気の制御、感染源の特定、拡大・再発防止のために重要な情報となります。近年では、細菌の分子遺伝学的情報を用いて集団発生の原因となった菌株を特定しています。このような解析を分子疫学と言い、より正確で実用的な手法を開発することが重要です。